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Il semblerait qu'Apache crée des index de fichiers sur www.april.org
quand il n'y a pas de fichier index.(html|php) dans un répertoire.
Sauf sur certains répertoires, il serait bien de mettre l'option
-Indexes dans Apache pour empêcher ce comportement.

Peux-tu préciser les répertoires en question ?

Le répertoire en question : http://www.april.org/sites/default/files/ où le .htaccess a explicitement un +Indexes. Je en sais pas pourquoi on l'a mis là "comme ça", mais j'ai bien envie de l'enlever.

root@lsd:/usr/share/drupal6/sites/default/files# ls -al | grep htaccess
-rw-rw-r--  1 www-data www-data       18 25 avril 13:47 .htaccess
root@lsd:/usr/share/drupal6/sites/default/files# cat .htaccess 
Options +Indexes

Dans /etc/apache2/sites-available/default-drupal6 rien n'était précisé pour /var/www, j'ai ajouté le 6Indexes
Dans /etc/drupal/6/apache.conf rien n'était précisé aussi (mais il y a un AllowOvveride All), j'ai ajouté un -Indexes.
Dans /usr/share/drupal6/.htaccess, le Options -Indexes était déjà présent.

La demande #1310 a été mise à jour par Quentin CHERGUI.

Le répertoire en question : http://www.april.org/sites/default/files/
où le .htaccess a explicitement un +Indexes. Je en sais pas pourquoi
on l'a mis là "comme ça", mais j'ai bien envie de l'enlever.

Si ça touche Drupal, abstiens toi pour l'instant. Y'a certainement une
bonne raison à ce comportement.
Drupal est sensé reproduire des comportements de l'ancien site, ou au
moins ne pas casser certains liens qui existent depuis longtemps.